Le prime analisi dell'acqua da parte di esperti nel settore vengono effettuate nel 1748 ma le potenziali proprietà positive erano conosciute già dai tempi di Leonardo da Vinci. Nel XIII secolo, infatti, i medici di tutto il nord Italia consigliavano ai propri pazienti di recarsi alla fonte della Val Brembana per curarsi. Queste proprietà hanno attirato visitatori nel corso degli anni con un boom all'inizio del '900 che ha reso San Pellegrino Terme un luogo di villeggiatura, portando all'edificazione del Casinò, delle Terme e del Grand Hotel.
Un trattato del 1839 cita le acque di San Pellegrino indicandole come consigliabili per le persone affette da malattie dei reni e delle vie urinarie.
Il processo di imbottigliamento dell'acqua si ha a partire dal 1899, anno di nascita della Società Anonima delle Terme, che favorisce l'inizio della produzione industriale e dell'esportazione, con 5 562 bottiglie delle 35 343 prodotte durante questa annata dedicate al mercato estero.
A partire dal 1908 la rete di distribuzione si estende oltre le principali città europee arrivando a Shanghai, Calcutta, al Cairo, a Tangeri, in Brasile, negli Stati Uniti, in Perù e a Sydney.
Inizialmente la produzione era fatta totalmente a mano, gradualmente si inizia un processo di meccanizzazione che impiegava, nello specifico, un'équipe tutta femminile. La prima macchina viene introdotta nel 1930 e la produzione cresce numericamente. Successivamente cominciano anche i processi di imballaggio per le spedizioni nei paesi della distribuzione. Nel 1961 viene costruito lo stabilimento di San Pellegrino Terme, che oltre all'acqua minerale imbottiglia anche altre bevande con il marchio Sanpellegrino.